El río se origina en la Serranía del Burro por afloramientos del acuífero transfronterizo Edwards-Trinity-El Burro.

Tiene una longitud de 150 kilómetros; desciende desde altitudes de más de 1,000 metros en la Serranía del Burro, hasta los 220 metros en su desembocadura en el río Bravo a la altura de El Moral.

Se origina en el municipio de Zaragoza, cruza el de Jiménez y desemboca en el de Piedras Negras. Su cuenca hidrológica tiene una extensión de 2,707 km2; sin embargo, dada su riqueza ecosistémica y específica y la oportunidad de conservación, la CONABIO considera la región de la Serranía El Burro-río San Rodrigo como prioritaria en su catálogo de Regiones Terrestres Prioritarias (RTP-73), por lo que incluye además partes de los municipios de Acuña y Zaragoza y su superficie llega a los 8,909 km2.

Amigos soy el viejo río San Rodrigo, soy norteño, originario del norte de Coahuila. Ya tengo miles -quizás millones- de años de edad, como lo atestiguan los fósiles de especies desaparecidas que se encuentran en mi lecho. Mis aguas eran la admiración de todos por su transparencia y frescura y porque tenían abundante pesca, en mis orillas se encontraban flora, fauna para caza y frutas, de ellas se beneficiaron y se desarrollaron los antiguos pobladores de Coahuila, después los primeros expedicionarios españoles y ahora mis amigos de Zaragoza, Jiménez y Piedras Negras. La verdad es que yo nunca escatimé mi ayuda a quienes la necesitaron. Pero ahora están abusando de mí.